竺可桢任浙大校长第二年，日寇大举入侵中国，抗日战争爆发。卢沟桥事变后，12月13日南京失守，24日杭州沦陷，26日金华遭狂轰乱炸……浙江大学颠沛流离，辗转迁徙。先暂避于建德，后入江西（分校入浙南、福建）、湖南、广东、广西，最后立足于贵州遵义。所到之处，租借当地的庵、堂、庙、宇、宗祠、会馆、兵营，甚至自己动手，结茅架竹建校舍。竺可桢冒着枪林弹雨，在警报声中奔波，学校搬迁的去向，校址的踏勘，人员、物资的舟车运输，招待站、宿营地的安置，以及与军政各方的联络和争取地方人士的协助等，通常由他亲自出马。

　　兵荒马乱时择机而教

　　每到一地，竺可桢处理好各种事务，就鞭策大家尽快投入学业钻研，“调剂旅途奔波的劳顿，焕发欣欣向荣的志趣”。同时又不失时机地结合当地的人文遗迹，以他丰赡的史地知识进行爱国主义教育。如在江西吉安，他介绍这是宋朝欧阳修、文天祥的故乡，欧阳修“忧劳可以兴国，逸豫可以亡身”。文天祥“人生自古谁无死，留取丹心照汗青”。竺可桢常用故乡先贤的嘉言懿行启发学生的民族自豪感、自信心，激励爱国情怀。

　　他举明朝余姚籍学者王阳明、黄棃洲、朱舜水为例，说：“王阳明在本省讲学之外，一生的事业主要在江西、广西、后谪居贵州，在用兵布政中，兴学校、举讲会，四方前来求学。吉安的青原山，尚有他任庐陵（今吉安）知府时讲学的遗迹。浙大因抗战而蹑王阳明的遗踪而来，应该景慕前型，在艰危中立身保国。”竺可桢说黄棃洲、朱舜水“为学问而努力，为民族而奋斗，是民族屈辱中报国的模范”。

　　一位教育家，择机而教，诲人不倦，令浙大师生耳边时时萦绕着校长的谆谆告诫和循循诱导。在兵荒马乱中，竺可桢以镇定的心态、严谨的治学精神，处理一所大学加一所研究所的各项事务；在严酷的战争状态中毫不松懈地提高浙大的教学质量和学术研究水平；他自己还密切关注天气、气候和物候，每日做详细记录，常有学术论文发表。这就是一位学者的领导风范。

　　家有不测时以业寄思

　　除了为浙大和气象研究所操劳之外，竺可桢遇事知患思备。例如，1938年1月，他致电教育部，提醒文澜阁的《四库全书》留浙不安全。教育部回复拟将《四库全书》迁至贵阳，由浙大协同运迁。竺校长即委派一位教授负责，随浙江图书馆启运出省，转经五省运迁至贵阳地母洞，使139箱古代文化瑰宝免遭兵燹之灾。一位爱国者，凡与民族安危有关的事都放在心上。

　　日寇步步进犯，浙大不断西迁，情势愈益艰危。警报声中抵御着贫匮、疲劳、雨雪、严寒、酷暑，又进入峦荒瘴疠之地且缺医少药。竺校长与师生患难与共，两次放弃出国机会（一次国际文教会议，一次国际气象学会），坚守任上。

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