宗教裁判所在很大程度上留下的是血腥与黑暗的记忆，但也许正是这种疯狂时代中的极端制度才促使进步的人们去思考、去寻求更合理、更科学的法律模式。可以说，中世纪教会的黑暗，或者说宗教裁判所的所作所为，从反面为一大批刑事古典法学派提供了批判的对象，促进了他们近代刑法思想的形成。

　　在西欧中世纪，作为教会的司法机关，宗教裁判所秘密侦讯、审判、惩罚“异端”分子，以极端野蛮、黑暗的方式摧残、迫害了一大批科学家及进步人士，其残忍的刑罚、恶劣的影响历来受到人们的谴责，也因此被称为“异端之锤”，是“黑暗和愚昧的守护神”。

　　宗教裁判所产生：与阿尔比派相关

　　1184年，卢修斯三世教皇意图建立“异端审判法庭”来对付各地的“异端”，他专门发布了《反对异端》的通谕，要求各教区主教“建立异端审判法庭”。但是，由于当时忙碌的主教腐化堕落，对这一命令置若罔闻，命令难以得到执行。直到英诺森三世，才开始真正着手建立宗教裁判所。英诺森三世为了建立宗教裁判所可谓煞费苦心：他首先在舆论上造势，在早期的著作《论蔑视世界》中作了明确的阐述，将矛头直指“异端”傲慢与肉欲之罪。他劝导人们“为了治愈严重的伤者，严谨的外科医生先用苦药，可一旦病人到了康复阶段，他改用甜膏完成治疗”，为建立宗教裁判所埋下伏笔。

　　之后发生了几件影响宗教裁判所建立的重要事件。一是托钵修会的成立。早期，由于“异端”的活动已经较为频繁，基督教的修道士们不得已离开修道院，通过走访、游说等方式传教，号召人民皈依正教。1203年，奥斯曼主教曾经过整夜的辩论使图卢兹的一个驿站老板皈依正教。1206年，教皇下通谕，说要模仿耶稣访贫，“谦卑地去寻找异教徒，领他们走出谬误”，于是就有了后来托钵修会的建立。然而，该会的成员由于训练不足，显然难以担当起让所有的人都放弃异端思想、皈依正教这样的重任，尽管他们也很努力，把一生都献给了祷告、忏悔的宗教生活，甚至为了在边远地区建立修道院还需要艰苦的体力劳作，但是收效甚微。所以，宗教裁判所的建立成为不得已的辅助选择。

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