在经济学上，穆勒博采众长，重新组织了自斯密以来的经济学体系，几乎融会了前人所有较有见地的思想，尽可能详细准确地阐明各种经济观点（不仅有斯密、李嘉图的，也有马尔萨斯、萨伊、西尼尔等）；同时又不时补充自己的独特见解，是经济思想史的第一次大综合。

　　正因为具有如此广博的知识，穆勒在许多方面都作出了开创性的思考，在很多问题上高屋建瓴，尤其是在经济学、哲学和政治学方面成就卓荦，是19世纪下半叶英国最著名的哲学家、逻辑学家和经济学家。例如，穆勒的《逻辑学》一书长期以来一直是这一课题的主要著作，其中提出的归纳法原则至今为人们所遵循；《论自由》一书迄今还是关于人类权利的经典著作，其中提出的自由原则依然是这一领域的思想麦加；《功利主义》则是功利主义学派最好的代表作之一，迄今依然是政治哲学和道德哲学的重要思想来源；《政治经济学原理》一书则被奉为经济理论的圣经，同时还成为古典分析和新古典分析间的桥梁。

　　广泛而卓荦的学术造诣

　　尽管穆勒一生都没有拥有教职，但他却实际上形成了一个穆勒学派的雏形，例如被称为“末代古典经济学家”的凯尔恩斯、剑桥大学第一位领薪的政治经济学教授福赛特、英国哲学史上的最后一位大哲学家西季威克等，都是他的信徒。熊彼特说，“他是19世纪知识界的主要人物之一，凡是受过教育的人都非常熟悉他”。

　　同时，正是由于在如此多的领域都提出了独到的见解，穆勒赢得了巨大的赞誉。例如，斯拉基在《约翰·穆勒自传》的“序”中就写道：“自从穆勒去世后过去的五十年中，还没有出现一位学者，对同代人的思想的影响有像他那样深远。……对于变革，除了达尔文外，他比任何其他思想家发挥了更大的影响。……没有人能怀疑，穆勒提高了与他同一代人的精神境界，这是同代人中没有其他人能做到的。……很少有人对他们自己的要求比他更严格，没有人在追求正义中比他更热情。”哈德利在《政治经济学原理》一书的“特别导言”中也写道：“约翰·斯图亚特·穆勒的《政治经济学原理》在学术界享有的持久地位，稳如磐石，能做到这一点的科学著作为数甚少。固然，亚当·斯密更具有启发性，马尔萨斯更富于独创性，李嘉图更有条理性，可事实依然是，穆勒知道如何总结这三个人的发现，知道如何把这些发现首尾一致地联结在一起，使普通人对其有所了解。他的伟大不在于为后人发现了真理，而在于充分表达出了当时人们所信赖的那些真理。”

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