16、17世纪是科学革命的时代，哥白尼等科学家的伟大成就从根本上改变了人们对自然和宇宙的理解，使人们认识到宇宙万物的运动均受物理学定律的控制，而支配运动物理学定律的，是来自上帝的第一推动。因此，上帝曾被普遍地描绘成一位万能的“机械师”，宇宙正是在这位万能“机械师”的推动下周而复始地运转。

　　但万能“机械师”的形象在当时并不是上帝的唯一形象。科学革命是在广泛论战的基础上产生的，事实上，与当时争论得最热烈的问题有关的领域，恰恰存在于长期被忽视和遗忘、却带有实用化学色彩的炼金术传统之中，而一场主要的论战就集中在化学论哲学的接受与拒斥上。引起这场激烈争论的中心人物是以瑞士—德国医生帕拉塞尔苏斯为代表的化学论者，他们开启了以化学为基础的新自然哲学研究。这种新自然哲学在当时的影响可与天文学和运动物理学上的伟大变化相媲美，甚至有过之而无不及。化学论哲学不但摒弃经院哲学，而且试图用基于《圣经》、观察和实验基础上的新科学取而代之。这种新自然哲学甚至成为全面社会改革的基础。在这些化学论哲学家眼中，上帝是一位手拿烧瓶的化学家。

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