1978年至今，清代台湾史研究重新起步，厦门大学台湾研究所（后改为台湾研究院）、中国社会科学院台湾史研究中心等机构成立，《台湾研究集刊》、《台湾研究》等刊物创立，台湾史研究蔚然成显学。厦门大学台湾研究所是最早也是最为突出的。

　　台湾地区的台湾史研究起步较早，受制于政治禁忌，初期成果主要是史料的编辑出版，如周宪文主编的《台湾文献丛刊》309种等。1992年后，“中研院”台湾史研究所筹备及创建，《台湾史研究》创刊，清代汉人开拓史、社会经济史等受到重视。

　　政治史

　　清代台湾社会动乱频仍，民众集体反抗官府的暴动、起义时有发生。规模较大的起义往往牵动了社会各个阶层，是了解台湾社会动员、阶级关系、民族关系乃至政治运作等各种问题的重要窗口。大陆学者一般将之分为农民起义、游民暴动、分类械斗、土汉冲突等，台湾学者则分之为民变、分类械斗、“番”乱等。张菼、陈碧笙、刘妮玲、黄秀政、林伟胜等学者对相关问题作了探讨。有不少文章涉及当时规模与影响较大的朱一贵起义、林爽文起义等事件。其中，陈孔立对分类械斗与农民起义进行区分，认为分类械斗作为一个特定历史名词，专指台湾移民社会的特殊社会现象，是种不带政治色彩的、按祖籍划分阵营的民间私斗，应从移民社会的社会结构中分析械斗产生的原因。

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