明清时期江浙一带书院文化特别发达，很多办学特色鲜明的书院相继创立，其中江阴南菁书院历史虽短，却是晚清此地书院中非常有名的一座。1182年，时任江苏学政的黄体芳提倡捐出廉俸兴办书院，此议获得了两江总督左宗棠的大力支持，除向省内官员募集外，又奏准拨淮北票银为筹办费用，经过一年的筹备建设，次年书院既告成立。书院先后聘请张文虎、黄以周、缪荃孙等著名学者为院长掌教。书院除了讲论科举时文外，还兼修天文、算学等。因此这座书院在科考和学术两方面都有出色的成绩。

　　1885年，著名学者王先谦被任命为江苏学政，任内延揽文人，次年即在南菁书院开设书局，仿阮元在学海堂主编刊刻《皇清经解》（《学海堂经解》）之例编纂《皇清经解续编》一四三?卷，增补了《皇清经解》未收及嘉庆以后的经学著作二?九种。因此后者也被称为《南菁书院经解》或《续清经解》，二者为后人提供了一份较为丰富的清代经学论著资料。除此之外，书院还刊布了《南菁书院丛书》和《南菁札记》等文献。由此可见，书院崇尚经史，重视学术的一面。书院在出版方面显出雄厚的实力，也塑造了其在学术史上的地位。

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